尊龙凯时提供的标记定量蛋白质组学是一种通过化学或同位素标签对蛋白质或肽段进行标记，使其在质谱分析中能够区分不同样本，从而实现相对或绝对定量的技术。这种技术常用的方法有iTRAQ、TMT和SILAC。

SILAC与iTRAQ/TMT的区别

尊龙凯时解释，SILAC是一种用于细胞培养的代谢标记方法，通常支持2到3重定量，使用NeuCode最多可达4重，定量在一级质谱(MS1)水平进行。而iTRAQ则是一种支持4至8重的化学同位素标记方法，定量在二级质谱(MS2)水平进行。TMT同样是同位素化学标记技术，支持10至18重，适合大规模、高通量研究，定量也在MS2水平进行。

标记定量与非标记方法的优势

与非标记方法相比，基于标记的定量蛋白质组学在准确度和样品间重现性方面更具优势。由于所有样品同时混合分析，这种方法能减少因单独运行造成的技术差异，并支持多重分析，这意味着可在一次质谱分析中比较多个样品。

如何选择最适合的标记定量方法

选择合适的标记定量方法应考虑样本类型、实验规模和研究目标。如果您的研究涉及活细胞，并需要在细胞水平上进行准确测定，可以使用SILAC。对于组织或体液样本，中等通量研究可推荐使用iTRAQ，而TMT则适合进行高通量研究，每次运行最多可进行18个样本分析。

iTRAQ/TMT中为何使用MS²进行报告离子定量

在尊龙凯时的实验中，iTRAQ和TMT的所有标记肽段在MS¹水平上质量数相同，无法区分。而在MS²阶段，标记肽段会释放出具有不同m/z的独特报告离子，便于精确定量每个样品。

标记定量能否用于绝对定量

是的，基于标记的定量蛋白质组学可以实现绝对定量，但需要借助已知浓度的标准肽段或蛋白质进行校准。通过建立标准曲线并比较报告离子的强度，研究人员可以计算样品中的目标蛋白绝对浓度。

在同一批TMT或iTRAQ实验中混合分析的样本类型

尊龙凯时建议将来源一致、处理条件相同且可比的样本安排在同一实验批次中。例如，同种细胞或组织在“对照与药物处理”条件下的比较。应避免混合不同组织或不同处理批次的样本，以减少技术误差干扰。

TMT信号偏移的归一化处理

部分信号偏差可以通过总强度归一化、中位数校正等方法进行调整，但若生物背景差异过大，归一化可能掩盖真实差异或放大假阳性。因此，数据预处理不应替代科学的实验分组。

SILAC标记后提取细胞蛋白的时机

SILAC方法是在细胞增殖过程中标记蛋白，通常需连续传代至少5-6代，以确保细胞内的天然氨基酸完全被同位素标记的氨基酸替代。具体所需时间视细胞类型而异，标记效率需达到≥95%才能进行正式分析。

评估TMT实验样本混合的均匀性

在实验中，可以在标记前后提取少量样本进行SDS-PAGE定量比对，并在质谱分析中观察各报告离子强度是否均衡。如果发现偏差应考虑重新标记。

北京尊龙凯时生物科技有限公司专注于生物、制药与医疗器械行业的质量控制检测及项目验证等专业服务，严格遵循 NMPA、ICH、FDA 和 EMA 的法规与指导原则，采用双重质量体系认证，致力于提供优质的生物质谱分析服务，支持新药研发及生产放行。